要數九龍佑寧堂的特別之處，莫過於它是香港其中一間最早落成的跨宗教教堂。即使是基督教也分成許多不同的派系，例如浸信會、聖公會等。在20世紀初，並不是所有教會都有聚會場地，這就衍生出跨宗教教堂的出現。當時，有一群九龍居民連署請求政府撥地興建教堂，最終遮打爵士出資捐助和倫敦傳道會一同興建九龍佑寧堂。
第二次世界大戰期間，佑寧堂由於受到嚴重損毀，被迫暫停教堂活動。建築內的設備亦遭到洗劫。日佔時期，教堂更曾被用作馬廄。戰後，佑寧堂重修，並於1947年10月19日重新開放。直至今天，堂所增建了主日學院，地下用做小禮堂，樓上則為教室。
2017年，佑寧堂被正式列為法定古蹟，一直服務居民至今。