佑寧堂以垂直哥德式風格建成，雖然於標準的基督教堂的十字架式分佈相似，但由於佑寧堂佔地面積小所以設計較為簡單。建築從外面看充滿歐式風格，但其實當中也有不少中式建築設計。例如中式金字形瓦頂，與白色窗框和灰色麻石梯級有鮮明的對比。方形塔樓的門口有尖拱門框，底部則為奠基石，窗戶均以麻石三葉作裝飾。
教堂的主殿寬敞，有著造工精細的兩組托臂樑，再以麻石雕花襯托，這設計在香港屬非常罕見。教堂內的屋頂結構亦令人嘖嘖稱奇，是難得一見的全木樑結構。而且，這些木樑均是從外國運來的橡木，生長至今超過200年歷史。另外，教堂內的主殿中央祭台上，更應用了中國八卦的弧線設計園窗。
日佔期間，佑寧堂內大多數的傢俬都被偷走。但幸運的是，後來在二手店找回數張橡木排座，也可謂是神蹟之一。而現時橡木排座被安放在主殿中。