說起公立醫局其實背後有一段古。公立醫院的全名為「華人公立醫局」，在第二次世界大戰以前是香港規模相對較大的醫療機構。最初的醫局主要為解決街上棄屍的問題，而首間醫局設立於港島西營盤。後來，政府開始支援醫局運作，醫局亦漸漸提供更多服務，例如種痘、登記出世紙、死亡證和運送屍體到殮房等。
深水埔公立醫局早於1911設立，其原址位於深水埗天后廟內。可是，由於當時人們對醫療服務需求日益增加，醫局於1930年便遷至現址至今。當地的老街坊曾受訪表示醫局是戰前籌款興建，最先由富商黃耀東和李炳先生捐款，之後再向該區的街坊籌款。建築上所使用的「深水埔」其實是「深水埗」的舊稱，現時大多人書寫時都會直接用深水埗代替。起初的深水埔公立醫局由深水埗街坊福利會管理，戰後則轉由政府接管，日間用作醫療中心。在1950年至1970年到之間，醫局晚上曾被用作街坊福利會的議事場所。
建築於2009年正式被評為二級歷史建築，而現時醫局已被用作美沙酮診所。
