林邊屋於1998年被評為二級歷史建築，後來政府及漁農自然護理署在接管林邊屋期間，曾進行大規模復修及活化工程。對於這些歷史悠久的建築，復修期間必然會遇到不少難題，林邊屋外牆上的紅磚便是其中一個較為艱辛的復修項目。政府為整座建築共斥資一千七百多萬元，至2012年正式活化為林邊生物多樣性自然教育中心開放給公眾。
為保留其原貌，政府均以林邊屋原有的設計及物料作為標準去進行復修。林邊屋外牆所用的紅磚為「明口磚」，品質及規格要求都比較嚴格。這種紅磚早已停產，而香港亦沒有廠商願意生產該種紅磚。經過多次向不同國家的生產商查詢，最後終於在唐山找到一間廠商答應製造這種紅磚，供以復修林邊屋。當時林邊屋的外牆嚴重受損，政府共使用了大約四千多塊紅磚進行修補，逐塊紅磚重新裝配。現在我們亦能看到林邊屋的外牆復修的痕跡。
除了外牆，林邊屋的木製門窗、鐵窗都依照殘存完整門窗的模樣進行復修及更換。屋內的僭建物均被拆卸，被封閉的走廊重新打開並還原至本來的樣子，客廳裡的壁爐現在依然被保留下來。另外，整座紅磚屋的內部結構及木梯都進行了鞏固及改裝工程，屋內亦增添有消防設施，以符合現時建築的規定。
