1894年香港鼠疫在太平山區肆虐，而為了阻止瘟疫蔓延，香港其他地區的居民都紛紛用不同方法去抗疫。在深水埗，居民相信是因為有妖魔鬼怪作祟而導致瘟疫出現，該區的客籍居民便從惠陽迎請三太子（哪吒）來驅邪鎮妖。神奇的是，當他們供奉神像出巡後，深水埗區的瘟疫便停止了。後來當地居民於1898年集資興建三太子廟以作紀念。
深水埗三太子廟是香港唯一供奉三太子的廟宇，現為二級歷史建築。哪吒最為人知就是他在中國封神榜的神話故事。但哪吒原來是佛教的神祇，後來佛教傳入中國後被漢化了，哪吒便成為了不分佛教、道教的天神。
在佛教中，哪吒是四大天王中之北方多聞天王毗沙門之子，是佛教護法神之一；在民間，哪吒的形象多為出自道教及神話故事。哪吒是托塔李天王李靖的三太子，他性格調皮百厭，一次大鬧東海時，不小心殺死了東海龍王太子敖丙，為免父母遭受連累，最後「削骨還父、割肉還母」自盡。他的師父太乙真人就是收其魂魄，用蓮花為他化身。哪吒復活後便用太乙真人賜他的風火飛輪及長矛輔助武王伐紂，斬妖除魔。哪吒被玉帝封為三十六天將第一總領使，永鎮天門。他亦是五營神兵神將的統帥之一。而在道教中，若民間遇上瘟疫、兒童患病，道士多會招請哪吒驅邪息災。
深水埗三太子廟為傳統二進式建築，主要供奉哪吒三太子。三太子神像身繫混天綾，腳踏風火輪，手持乾坤圈及火尖槍。廟內亦有供奉多位神明，包括有觀音、包公、太歲、金花娘娘及財神等等。而與三太子廟相連的北帝廟則於1920年從海旁拆遷移至此，供奉有北帝、唐三藏、文昌君。廟外有一座小廟，供奉城隍。
